Varje medlem tillhör en eller flera lokalavdelningar, vanligtvis på den ort man bor. Lokalavdelningens högsta beslutande organ är årsmötet där alla medlemmar i föreningen har rätt att närvara, lägga förslag och rösta.

På årsmötet väljs en styrelse som har till uppgift att leda arbetet i lokalavdelningen mellan årsmötena. Lokalavdelningen ansvarar för att värva medlemmar, skapa opinion för Piratpartiets politik, arrangera utbildningar och aktiviteter samt driva valrörelse. Vidare ansvarar styrelsen för att de beslut som medlemmarna fattat på årsmötet blir verkställda.